Акакий Кесарийский господствовал в Иерусалиме, но политическое положение империи побуждало его действовать с крайней осторожностью. Констант только что был убит, и в интересах брата его Констанция, вступившего в сомнительную борьбу с убийцами, было предупредить всякий предлог к смутам на востоке. В виду этого Акакий, после смерти Максима, принужден был согласиться на законное избрание его наследником и с этой целью созвал в Иерусалим местных епархиальных епископов, которые прибыли на его приглашение в надежде, благодаря своему присутствию и многочисленности, избрав православного епископа, или по крайней мере, из умеренных ариан. Избрание это произошло без труда, потому что Акакий сам не принадлежал еще тогда к приверженцам крайнего арианства и не требовал того же от будущего Иерусалимского епископа, а сами епископы, созванные для избрания, принадлежали к умеренной партии ариан, получившей вскоре название полуарианства. Выбор их пал на Св. Кирилла, который по своим качествам, мог удовлетворить обе враждующие стороны.
Новый епископ принадлежал к той значительной партии, которая приняв Никейский символ, стремилась путем смягчения некоторых выражений, а главное своим примирительным образом действий привлечь к православию наиболее умеренных из ариан. Она признавала законными и сообщалась с епископами, избранными арианами, и стояла в некоторой оппозиции к приверженцам крайнего православия, которые настолько враждебно относились к арианам и умеренным православным, что например Люцифер Кальярский с некоторыми единоплеменниками не задумались отделиться от церкви, когда римские папы благосклонно отнеслись к возвращающимся в православие арианам. Несколько лет до своего избрания Св. Кирилл проповедовал в базилике гробницы Господней и затем издал полный курс катехизических бесед для оглашенных, в которых он высказал свое несомненное православие, но без резкости и крайности: так например слово «единосущный» не встречается в этих беседах и было заменено мене точными выражениями. Некоторые неясные места в этом сочинении подавали арианам тайную надежду найти в нем, впоследствии, скорее союзника, чем противника.
Законно и правильно избранный Палестинскими епископами, поддерживаемый горячей верой, страстным рвением к церкви и несокрушимой твердостью духа, отличаясь глубокой ученостью, увлекательным красноречием, неисчерпаемой щедростью и святостью жизни, Св. Кирилл был, быть может, величайшим из Иерусалимских епископов.
Первые годы его епископства прошли спокойно и благополучно. Несколько месяцев после его избрания, 8 мая 351 г., чудесное явление как бы освятило это избрание. Среди дня появился на небе сияющий крест, простираясь от Голгофы до Елеонской горы. Св. Кирилл счел необходимым донести об этом явлении императору, и письмо его о сем, доселе сохранившееся, свидетельствует как об обретении Животворящего Креста, так и о православии Св. Кирилла многознаменательным употреблением в нем слова единосущный. Описание самого явления сохранилось и у других современных историков.
